PDICでは発音記号を表示・入力できます。
発音記号部のフォントはLucida Sans Unicode に設定されています。別途フォントを用意する必要はありません。従来のSIL IPA Fontを使いたい方はこちらです。→ダウンロードページ フォントをインストール後"Doulos IPA"を選択してください。(PDIC for Win32版で使用していたフォントの名前とは微妙に異なります)
※参考
旧形式のPDIC辞書の変換を行うと、発音記号部の文字コードはSIL IPA Font93(PDIC用英辞郎等で使っているフォント)からUnicodeの発音記号に自動的に変換されます。
文字コードの変換は辞書変換時に行うことができ、英辞郎であれば何も考えずにそのまま表示に従って進めば問題なく変換できるはずです。
http://www.phon.ucl.ac.uk/resource/phonetics/
こちらにある Unicode Phonetic Keyboard and SIL Fonts が作者が調べた中では一番良さそうです。
キーボードで直接入力することが出来ます。
しかし残念ながら、第1アクセント、第2アクセントの入力が出来ないようです。(2008.5.22現在)