PDIC for Win32の辞書とは互換性がありません。
PDIC/Unicode版を初めて起動するときや、PDIC for Win32の辞書を追加・開くときに新しい辞書へ変換するかどうかの問い合わせがありますので、表示に従って変換を行ってください。
Tools - 旧バージョンからの移行 からでも設定情報を再度移行することが出来ます。